O Sindicato Rural de Mogi das Cruzes foi fundado a mais de 90 anos. Em seu início, levava o nome de Associação dos Produtores Rurais de Mogi das Cruzes, e foi criado para representar os produtores rurais do Alto Tietê.

O associativismo dos produtores rurais surgiu através dos imigrantes japoneses, quando eles começaram a cultivar em pequenos pedaços de terra e transformaram essas propriedades em extremamente produtivas, incentivando outros imigrantes a cultivarem. Com a união dos imigrantes produtores rurais, surgiu a pressão para que eles tivessem uma entidade oficial que os representassem, assim, surgindo a Associação dos Produtores Rurais de Mogi das Cruzes (sistema associativo), que mais para frente se tornaria o Sindicato Rural de Mogi das Cruzes (sistema sindical).

O primeiro presidente, ainda como Associação, foi Arnaldo Andreucci (1950-1954), dando sequência a Kotaro Watanabe (1954-1954), Adilson Consolmagno (1954-1956), Rodolpho Jungers (1957-1962) e Kenji Neguishi (1963-1964).

Em 1965, a Associação dos Produtores Rurais de Mogi das Cruzes se tornou o Sindicato Rural de Mogi das Cruzes, e teve como primeiro presidente Minor Harada (1965-1980), dando sequência a Junji Abe (1980-2000), Masaro Nakasato (maio a novembro de 1992, 1994, 1998), Jorge Ikuta (2001-2007), Fernando Noboru Ogawa (2010-2013), Paulo Miquio Honda (2013-2016), Minoru Mori (2007-2010 e 2016-2019), Gildo Takeo Saito (2019-2022) e Fabio Kazunori Dan (2022-2025).

O Sindicato está localizado no Cinturão Verde de São Paulo, e hoje conta com mais de 500 associados de todo Alto Tietê e clientes das mais diversas regiões, representando a classe rural nas esferas privadas e governamentais, em âmbito municipal, regional, estadual e federal.